Markus Pommer begann seine Motorsportkarriere 1998. Nach acht Jahren im Kartsport wechselte er 2007 in den Formelrennsport, wo er unter anderem in der Formel BMW, der ADAC Formel-Masters, der Auto GP, der FIA-Formel-2-Meisterschaft und auch im Formel-3-Cup an den Start ging. 2013 bestritt Markus Pommer für Lechner Racing Academy eine ganze Saison im Porsche Supercup. 2014 kehrte er noch einmal in den Formelrennsport zurück. Mit dem Team Motopark gewann er 14 Rennen im Formel-3-Cup und entschied die Meisterschaft deutlich für sich. Im Anschluss stieg er für ein Jahr in die europäische Formel-3-Meisterschaft auf, bevor er sich 2016 endgültig für den GT Sport entschied.

Seit 2016 startet Markus Pommer im ADAC GT Masters. Er fuhr 2020 bereits seine fünfte Saison im ADAC GT Masters und gehört damit zu den erfahrensten Fahrern im Feld, mit insgesamt sechs Rennsiegen zählt er auch zu den erfolgreichsten. Ob Audi R8 LMS, Mercedes AMG GT3 oder Corvette C7 GT3-R… mit allen Einsatzfahrzeugen konnte der Heilbronner schon ganz oben auf dem Podium stehen.